L’ordre a débuté sur une concession de terrain dans l’enceinte de Jérusalem vers le milieu du XIe siècle, où il éleva un établissement destiné à soulager et à recueillir les pèlerins et devient l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem .

Il créa d’autres hôpitaux, d’abord à Jérusalem, puis en Terre sainte, d’où son nom d’ordre des « Hospitaliers ».

À la suite de donations (participation par les donateurs à l’effort divin), il va posséder des établissements, prieurés et commanderies dans toute l’Europe catholique.
Il assume rapidement une fonction militaire pour défendre les pèlerins qu’il accueille sur les chemins de Jérusalem, puis pour combattre les Sarrasins.
L’ordre des Templiers, issu de la même origine, va quant à lui se spécialiser dans les fonctions militaires (officiellement à partir de 1129).

En 1291, les croisés sont expulsés de Terre Sainte. L’ordre de Saint-Jean de Jérusalem va s’installer à Chypres.
Il conquit Rhodes en 1310.

En 1312, le Pape dissout l’ordre des Templiers à la suite de luttes entre le Pape et le roi de France Philippe le Bel. Les biens des Templiers sont alors récupérés par l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem en 1314.

En 1523, l’ordre de Saint-Jean de Jérusalem est expulsé de Rhodes par les Turcs. Il s’installe à Malte en 1530.


Bonaparte expulsera l’ordre en 1798. Ce dernier s’installera alors en Russie, avant de décliner rapidement au début du XIXè siècle.
